ImageJ Edit命令第六部分

avatar 2019-08-1823:15:03 评论 79

27.13.11 Conversions…


用这个对话框设置决定图片转化的选项。

ImageJ Conversion Options对话框

ImageJ Conversion Options对话框

Scale When Converting 当图片从16-bit或者32-bit转化为8-bit图片时ImageJ会将图片的最小-最大调整为0-255,而当32-bit图片转化为16-bit图片时,ImageJ将图片的最小-最大调整为0-65535。注意ImageJ重启时Scale When Converting总是勾选状态。

 

Weight RGB Conversions (0.3、0.59、0.11) 当选中时,使用公式gray=0.299×red+0.587×green+0.114×blue用于将RGB图片转化为灰度图片。如果未选中,将使用公式gray=(red+green+blue)/3。将RGB转化为YUV时使用默认的基于人类感知的加权因子(0.299、0.587、0.114),后者(YUV)是模拟电视所使用的颜色编码系统。加权因子可以使用setRGBWeight()宏函数来修改。

 

27.13.12 Memory & Threads…


ImageJ Memory对话框

ImageJ Memory对话框

使用该对话框指定ImageJ所允许的最大内存,以及在处理堆栈时过滤器的阈值。Java编写的应用比如ImageJ只能使用指定的内存(一般640MB),但是该对话框允许用户指定更多的内存。

注意,当分配的实际内存超过75%时,会占用虚拟内存,结果就是ImageJ会变慢且不稳定。同时也注意,当ImageJ是从命令行或者双击.ij.jar文件运行的,那么该对话框就不可用。

 

Maximum Memory 要使用超过1700MB的内存,要求64-bit OS以及64-bit的Java。Windows用户则需要64-bit版本的Windows系统以及64-bit版本的Java。Mac用户则需要OS X 10.5及以后的版本,并且要在Java Preferences utility(在 /Applications/Utilities/Java)中设置64-bit版本的Java。同时也需要将ImageJ换成64位的版本。Linux用户则需要运行64-bit版本的Linux和Java。当运行64-bit版本时,Memory & Threads对话框的标题变为Memory。

 

Parallel threads for stacks 确定命令使用的并行线程数。在这个过程中,改设置用于处理堆栈时的Process▷Filters▷以及Process▷Math▷的子菜单中的命令。默认值是可用处理器的数量。

 

Keep multiple undo buffers 如果勾选此项,将在切换图像时保留撤消缓冲区。Edit▷Undo [z]仍然仅限于最近的操作,但是对于每个打开的图像可用,前提是缓冲区允许。如果keep multiple undo buffer选项未选中,取消缓冲区将会在激活图片(最前面的图片)改变时重置。

 

Run garbage collector on status bar click 如果该选项选中,将会指定Java回收站在每次用户点击Status时启动,帮助回收未使用的内存。

 

Help 打开网址http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/edit.html#memory.

 

27.13.13 Proxy Setting…


ImageJ Proxy Settings对话框

ImageJ Proxy Settings对话框

使用该对话框进行Java虚拟机的代理设置。这可能需要ImageJ连接到HTTP代理后面的特定机器的网络。比如,代理设置可能需要利用Help▷Update ImageJ…命令对ImageJ进行更新,或在File▷Open Sample…子菜单下打开图片。

 

使用系统代理设置可以激活Or use system proxy settings选项(这会使java.net.useSystemProxies属性设置为true)。若要手动配置代理设置,在Proxy sever中确定HTTP代理的地址,在Port中设置代理监听的端口。设置会保存在ImageJ preferences文件里(IJ_Prefs.txt)。

 

27.13.14 Compiler…


ImageJ Compile and Run对话框

ImageJ Compile and Run对话框

显示具有Plugins▷Compile and Run…命令选项的对话框。

 

Target 确定由Plugins▷Compile and Run…命令创建的类文件的Java版本。由Target 1.6编辑的插件在早前的Java版本中不能运行。用Target 1.4编辑的插件可以在所有版本的Java中运行。Target不可以设置高于目前ImageJ所运行的Java版本。

Generate Debugging Info (javac -g) 如果选中,Java debugegers所需的信息将会包含在类文件中。

Help 打开网站http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/edit.html#compiler.

 

27.13.15 DICOM…


ImageJ Dicom Options对话框

ImageJ Dicom Options对话框

该对话框设置与处理DICOM图片相关的选项。也就是说,图片是否要作为32位浮点数打开,是否计算体素的深度(基于第一片和最后一片切片之间的距离)以及是否在使用Image▷Stack▷Orthogonal Views [H]命令时对冠状/横截面部分进行镜像。在IJ 1,45版本中,当选中Open as 32-bit且标签0028、1053不为1.0时,DICOM读取器将使用Rescale Slope值。

 

27.13.16 Misc…


ImageJ Miscellaneous Options对话框

ImageJ Miscellaneous Options对话框

打开对话框,进行几个(高级的)设置,这些设置在ImageJ的其他接口处不匹配。

 

Divide by zero value 指定使用Process▷Image Calculator…时的值,当将32-bit的实际图像除以另一个(图像)时,检测除以零的值,该值默认情况下是无限。除了数值的值外,“无限”(正无限或者负无限),“max”(最大的正数)以及“NaN”(非数值的)可以作为Divide by zero的值输入。

 

Use pointer cursor 如果该选项选中,ImageJ将会使用一个箭头指针而不是默认的十字指针,

因为十字指针有时在灰度图中等亮度的区域很难分辨。该选项也可以应对在Windows系统中有时文本指针有时会替代十字指针的bug。注意默认的十字指针可以是自定义的,参考自定义ImageJ交互界面

 

Hide ”Process Stack?” dialog 如果该选项选中,ImageJ将不会提示对话框“Process all xx slices?”(仅处理当前的片)。

 

Require control/command key for shortcuts 如果选项选中,需要在使用键盘快捷键时按住控制键(Macs上是命令键)。

 

Move isolated plugins to Misc. menu 该选项可以减小插件菜单的尺寸,防止它占据整个屏幕的底部。当该选项选中时,那些试图安装到子菜单中且只有一个命令的插件会安装到Plugins▷Miscellaneous子菜单中,一个例子就是TurboReg插件,会创建Plugins▷Turbeg,只含有一个命令。

 

Run single instance listener 如果该选项选中,ImageJ会使用套接口防止多个被启动的实例。在Windows中,这可以避免当拖动图片到ImageJ图标时,启动了

ImageJ的另外一个副本。 它也可以避免很多从命令行运行ImageJ时的很多实例。注意,当你选中此选项后会在ImageJ第一次启动时收到警告提示。ImageJ不需要外部的套接口访问,因此可以在安全警告中拒绝次访问。该选项在新的Wingdows安装中默认设置。  

 

Debug mode 如果该选项选中,ImageJ会在Log窗口展示去bug信息。此外,一些命令(比如Process▷Binary▷Skeletoniez和Watershed)会Debug mode激活的状态输出详细的信息。关闭Log窗口可以阻止显示去bug信息。

 

Help 打开网址http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/edit.html#misc.

 

27.13.17 Reset…


ImageJ Reset Preferences命令

ImageJ Reset Preferences命令

当ImageJ关闭时检测IJ的preferences文件(IJ_prefs.txt),在ImageJ重新启动时重置所有参数为默认值。

 

就像在设置和偏好中所提的一样,IJ_prefs.txt中保存有所有的设置和偏好,该文件保存在Mac OSX的“文件~/Library/Preferences/”文件夹中,Linux和Windows则保存在“文件~/.imagej/”文件夹中(~指用户的根目录/主目录)。一些插件也会将参数写进该文件。

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