MayaChemTools-化学工具

MayaChemTools

MayaChemTools是一个不断成长的Perl和python脚本、模块和类的集合，以支持各种日常计算发现需求。

MayaChemTools官网下载

http://www.mayachemtools.org/

当前版本MayaChemTools中可用的核心命令行Perl脚本集没有外部依赖关系，并为以下任务提供功能：

• 操作和分析数据在SD, CSV/TSV，序列/对齐，和PDB文件
• 列出关于SD、CSV/TSV、序列/对齐、PDB和指纹文件中的数据的信息
• 计算一组关键的物理化学性质，如分子量，氢键施主和受主，logP和拓扑极性表面积
• 原子邻域、原子类型、e态索引、扩展连通性、MACCS键、路径长度、拓扑原子对、拓扑原子三联体、拓扑原子扭矩、拓扑药效团原子对、拓扑药效团原子三联体等二维指纹的生成
• 二维指纹的原子类型对应的原子不变量，DREIDING, E-state，函数类，MMFF94, SLogP, SYBYL, TPSA和UFF
• 利用二维指纹进行相似度搜索和相似度矩阵计算
• 在元素周期表中列出元素、氨基酸和核酸的性质
• 将数据从关系数据库表导出到文本文件中

基于RDKit的命令行Python脚本为以下任务提供了功能:

• 分子描述符和部分电荷的计算
• 基于RMSD和形状的三维分子的比较
• 不同分子文件格式之间的转换
• 列举化合物文库和立体异构体
• 使用智能、痛苦和官能团名称过滤分子
• 图形和原子分子框架的生成
• 分子图像的生成
• 执行结构最小化和构象生成基于距离几何和力场
• 执行R群分解
• 执行扭力扫描
• 基于二维指纹和各种聚类方法的分子提取和聚类
• 去除重复的分子和分子中的盐

基于PyMOL的命令行Python脚本为以下任务提供了功能:

• 校准大分子
• 把大分子分裂成链和配体
• 列出关于大分子的信息
• 物理化学性质计算
• 基于RMSD的marcromolecules的比较
• 不同配位体文件格式之间的转换
• 突变的氨基酸和核酸
• 生成拉马钱德兰情节
• x射线电子密度和低温电子密度的可视化
• 以链、配体和配体结合袋的形式显示大分子
• 使大分子中的空腔和口袋形象化
• 可视化大分子界面
• 在大分子中可视化表面和掩埋残留物