LigBuilder-基于结构的药物设计多用途程序

LigBuilder简介

LigBuilder是一个多用途的基于结构的药物设计程序。基于目标蛋白的三维结构,在结合袋(binding pocket)内自动构建配体分子并进行筛选。

基于结构的药物设计的目标是找到适合受体结合袋的化学结构。

LigBuilder
来源:LigBuilder项目网站

主要功能

  • 程序分析目标蛋白质的结合袋,并得出关键的相互作用位点。提出了一种适用于三维数据库检索的药效团模型。
  • 用户可选择生长策略或连接策略开发配体分子。可以同时进行先导物发现和先导物优化任务。
  • 分子是用片段作为构建块而建立起来的。提供了各种结构操作,如生长、链接和突变。在构造过程中进行动态构象最小化。考虑了配体分子的灵活性。
  • 分子是由遗传算法进化的。分子的适应度评分是通过考虑其化学活性和结合亲和力来评估的。
  • 判断“药物相似”的化学规则用于筛选合成分子。化学稳定性、合成可行性和毒性也可以通过定义“禁止结构”库来考虑。
  • 所有输入和输出的分子都是常用的格式,即蛋白的PDB格式,配体的Sybyl Mol2格式。该程序非常容易使用和维护。

下载

LigBuilder程序是免费向公众发布的。最新版本是LigBuilder v1.0。您可以从位于北京大学物理化学研究所分子设计实验室的FTP服务器下载(ftp://ftp2.ipc.pku.edu.cn/)。请在“pub/software/LigBuilder/”目录下找到它。


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