RnaViz-RNA分子二级结构图

2020-07-23  267

什么是RnaViz

RnaViz是一个用户友好的、轻量的GUI（图形用户界面）程序，用于生成发表质量的RNA分子二级结构图。

可以从包含结构信息的DCSE对齐文件或mfold ct文件开始创建图纸。结构的布局可以很容易地改变。可以展示特殊的结构元素，如伪结或非格式化区域。序列可以自动编号，并且可以使用其他几种类型的标签来标注特定的碱基或区域。虽然该程序不试图产生一个最初不重叠的图纸，布局的结构图纸适当的位置可以应用到使用骨架文件新创建的图纸。用这种方法，可以用最小的努力画出一系列相似的结构。该程序包括了几种类型的RNA分子的骨架。

RnaViz特点

• 能识别ct, rnaml和DCSE对齐格式
• 页面上的多个结构
• 简单但强大的WYSIWYG编辑具有不同的选择模式
• 骨架，容易绘制许多结构使用相同的布局
• 允许显示伪结
• 为任何对象自由选择字体，颜色，线宽
• 用于注释的图形对象(矩形、椭圆、线、文本)
• 链接图形、文字到某些成分
• 基于标签的属性更改
• 自动顺序编号
• 放大
• 独立绘制结构图
• 轻量

开源

RnaViz是完全开源的:它遵循GPL许可。Tcl/Tk以及它所依赖的Extral和ClassyTcl/Tk Tcl扩展可以在BSD许可下使用。

RnaViz下载

http://rnaviz.sourceforge.net/