RnaViz-RNA分子二级结构图


什么是RnaViz

RnaViz是一个用户友好的、轻量的GUI(图形用户界面)程序,用于生成发表质量的RNA分子二级结构图。

可以从包含结构信息的DCSE对齐文件或mfold ct文件开始创建图纸。结构的布局可以很容易地改变。可以展示特殊的结构元素,如伪结或非格式化区域。序列可以自动编号,并且可以使用其他几种类型的标签来标注特定的碱基或区域。虽然该程序不试图产生一个最初不重叠的图纸,布局的结构图纸适当的位置可以应用到使用骨架文件新创建的图纸。用这种方法,可以用最小的努力画出一系列相似的结构。该程序包括了几种类型的RNA分子的骨架。

RnaViz

RnaViz特点

  • 能识别ct, rnaml和DCSE对齐格式
  • 页面上的多个结构
  • 简单但强大的WYSIWYG编辑具有不同的选择模式
  • 骨架,容易绘制许多结构使用相同的布局
  • 允许显示伪结
  • 为任何对象自由选择字体,颜色,线宽
  • 用于注释的图形对象(矩形、椭圆、线、文本)
  • 链接图形、文字到某些成分
  • 基于标签的属性更改
  • 自动顺序编号
  • 放大
  • 独立绘制结构图
  • 轻量

开源

RnaViz是完全开源的:它遵循GPL许可。Tcl/Tk以及它所依赖的Extral和ClassyTcl/Tk Tcl扩展可以在BSD许可下使用。

RnaViz下载

http://rnaviz.sourceforge.net/


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