RnaViz-RNA分子二级结构图
什么是RnaViz
RnaViz是一个用户友好的、轻量的GUI(图形用户界面)程序,用于生成发表质量的RNA分子二级结构图。
可以从包含结构信息的DCSE对齐文件或mfold ct文件开始创建图纸。结构的布局可以很容易地改变。可以展示特殊的结构元素,如伪结或非格式化区域。序列可以自动编号,并且可以使用其他几种类型的标签来标注特定的碱基或区域。虽然该程序不试图产生一个最初不重叠的图纸,布局的结构图纸适当的位置可以应用到使用骨架文件新创建的图纸。用这种方法,可以用最小的努力画出一系列相似的结构。该程序包括了几种类型的RNA分子的骨架。

RnaViz特点
- 能识别ct, rnaml和DCSE对齐格式
- 页面上的多个结构
- 简单但强大的WYSIWYG编辑具有不同的选择模式
- 骨架,容易绘制许多结构使用相同的布局
- 允许显示伪结
- 为任何对象自由选择字体,颜色,线宽
- 用于注释的图形对象(矩形、椭圆、线、文本)
- 链接图形、文字到某些成分
- 基于标签的属性更改
- 自动顺序编号
- 放大
- 独立绘制结构图
- 轻量
开源
RnaViz是完全开源的:它遵循GPL许可。Tcl/Tk以及它所依赖的Extral和ClassyTcl/Tk Tcl扩展可以在BSD许可下使用。
RnaViz下载
http://rnaviz.sourceforge.net/

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