SCORE-估算已知三维结构的蛋白配体复合物经验方法

SCORE简介

基于结构的药物设计的一个中心问题是需要一种客观的方法来对候选化合物进行排序。SCORE是一种估计具有已知三维结构的蛋白配体复合物结合亲和力的经验方法。SCORE采用线性方程来描述结合过程中结合能的变化,其中包含了含氢键、疏水效应、变形效应等项。通过多元回归分析170个已知解离常数的训练集,得到最终的经验模型。该模型以1.1个数量级的标准偏差再现了整个集合的解离常数,对应于结合能的6.7kJ/mol。与其他类似的方法相比,我们使用了迄今为止最大的训练集,并获得了更好的统计结果。该方法的另一个主要创新是引入了原子绑定分数。这使得SCORE成为药物设计中先导物优化的有力工具。

SCORE

SCORE下载

SCORE程序是免费向公众分发的。最新版本是SCORE v2.0。

您可以从位于北京大学物理化学研究所分子设计实验室的FTP服务器下载(ftp://ftp2.ipc.pku.edu.cn/ )。请在“pub/software/score/”目录下找到它。

http://mdl.ipc.pku.edu.cn/drug_design/work/score.html


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