VLinux-生物信息学Linux应用

2020-07-20  109

什么是VLinux

VLinux是一个服务于学生和研究人员的生物信息学Linux发行版和应用。基于著名的openSUSE Linux发行版，使用Novell的Suse Studio构建。

VLinux官网下载

http://bioinformatics.org/vlinux/index.html

VLinux特点

• 完整的包，比如EMBOSS
• ClustalX等序列比对程序
• 带有网络界面 (wwwblast) 的独立NCBI BLAST安装
• BioPython, BioPerl和其他编程工具和库
• 版本控制系统
• 管理书目的工具
• PostgreSQL RDBMS

预先安装的生物信息学软件

• Boxshade
• ClustalW and ClustalX
• Dialign
• EMBOSS with emboss-explorer web-interface
• Genepop
• Mafft
• Muscle
• NCBI BLAST
• wwwblast
• Prank
• Probcons
• Biopython
• BioPerl
• Sequence Manipulation Suite 2
• Wise2
• Rasmol
• Gromacs
• Garlic
• Openbabel
• Chemtool

用Python编程

• Python
• Biopython以及它所支持的第三方工具
• python-matplotlib
• IPython
• PyQt GUI(图形用户界面)编程

通用编程

• Git版本控制系统
• Gedit和Vim文本编辑器
• Meld差分/对比工具
• Qt设计器
• R

……更详细请查看VLinux官网