VLinux-生物信息学Linux应用


什么是VLinux

VLinux是一个服务于学生和研究人员的生物信息学Linux发行版和应用。基于著名的openSUSE Linux发行版,使用Novell的Suse Studio构建。


VLinux官网下载

http://bioinformatics.org/vlinux/index.html

VLinux

VLinux特点

  • 完整的包,比如EMBOSS
  • ClustalX等序列比对程序
  • 带有网络界面 (wwwblast) 的独立NCBI BLAST安装
  • BioPython, BioPerl和其他编程工具和库
  • 版本控制系统
  • 管理书目的工具
  • PostgreSQL RDBMS

预先安装的生物信息学软件

  • Boxshade
  • ClustalW and ClustalX
  • Dialign
  • EMBOSS with emboss-explorer web-interface
  • Genepop
  • Mafft
  • Muscle
  • NCBI BLAST
  • wwwblast
  • Prank
  • Probcons
  • Biopython
  • BioPerl
  • Sequence Manipulation Suite 2
  • Wise2
  • Rasmol
  • Gromacs
  • Garlic
  • Openbabel
  • Chemtool

用Python编程

  • Python
  • Biopython以及它所支持的第三方工具
  • python-matplotlib
  • IPython
  • PyQt GUI(图形用户界面)编程

通用编程

  • Git版本控制系统
  • Gedit和Vim文本编辑器
  • Meld差分/对比工具
  • Qt设计器
  • R

……更详细请查看VLinux官网


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