PhyloSort-(生物)系统发育树


什么是PhyloSort

一种Java工具,通过搜索用户指定的子树来对系统发生树进行排序,子树包含由操作分类单元(OTUs)定义的感兴趣的单系组。

PhyloSort源码遵循GNU通用公共许可证(GPL)。


特征

  • 寻找类群之间的单系关系。
  • 通过自举法过滤与单系演化支相关的支持值。
  • 根据树复杂度(树中分类单元的数目)进行过滤。
  • 根据家族复杂性过滤(树中每个分类单元的基因数量)。
  • 聚类树(基因)成簇(基因家族)。
  • 使用分类引用树对OTUs进行分组。
  • 操作树数据结构的常见过程的干净和可重用实现,如Newick解析、树遍历和重新运行。
  • 可视化树拓扑使用树查看器(ATV)。

使用

PhyloSort-(生物)系统发育树
  • 为输入树选择一个Input(可读)文件夹。选择输入文件夹后,将扫描所有树,检索所有树中所有分类单元的集合。这些分类单元将在主窗口的左边可用分类单元的列表中显示。
  • 为匹配的树选择一个output(可写)文件夹。
  • 通过将分类单元从可用分类单元列表移动到主窗口右侧的查询分类单元来定义查询分类单元组。可以分别使用加号(+)和减号(−)按钮来添加和删除组。

PhyloSort下载

http://phylosort.sourceforge.net/


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