BioBIKE–遗传生物计算和分子生物学训练的智能应用


什么是BioBIKE

BioBike是一个基于云的、通过网络可编程(Paas)符号生物计算和生物信息学的平台,旨在使计算生物学,特别是智能生物计算(即人工智能在计算生物学上的应用)的研究科学家能够方便使用,而不一定要专业的程序员。

特点

BioBIKE是一个集成的符号生物计算和生物信息学平台,从一开始就是一个完全(现在称为)基于云的架构,其中所有计算都在远程服务器上完成,所有用户访问都通过web浏览器完成。

BioBIKE有一个内置的框架系统,所有对象、数据和知识都在其中表示。这使得用本地Lisp、可视化编程语言或用SNARK定理证明器表示的规则系统编写的代码能够以集成的方式访问整个生物学知识。

在它的时代(2002年发布),它允许用户创建完全通过web浏览器UI在后端服务器上运行的全功能生物计算程序是独一无二的。(用现代的术语来说,它是最早的PaaS(平台即服务)系统之一,甚至早于Salesforce。)最初这种编程是在原始Lisp中进行的,但是VCU的Jeff Elhai的团队在NSF的资助下,基于Boxer-style风格的编程环境在BioBIKE上创建了一个完全图形化的编程环境。

作为一个多头、多线程、多用户、多租户的基于云的系统,BioBIKE用户能够通过他们的web浏览器直接一起工作,远程共享相同的侦听器和内存空间。这允许了一种独特的协作。

BioBIKE的一个专门分支叫做“BioDeducta-生物演绎”,包括SRI的SNARK定理证明器,提供独特的“演绎生物计算”能力。

实现

BioBIKE是使用Lisp编程语言实现的开源软件。由弗吉尼亚联邦大学中心 BioBIKE团队持续开发和维护。

项目下载

https://github.com/jeffshrager/biobike


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