Unipro UGENE-生物信息学工具

Unipro UGENE是什么?

Unipro UGENE一个免费的开源跨平台生物信息学工具。它集成了许多著名的生物工具和算法,提供图形用户和命令行界面。使用UGENE工作流设计器,可以将所需的工具和算法安排到一个工作流模式中。


Unipro UGENE下载

 http://ugene.unipro.ru/


Unipro UGENE特点

  • 创建、编辑和注释核酸和蛋白质序列
  • 快速搜索序列
  • 多重序列比对:ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee
  • PCR电脑模拟
  • 搜索在线数据库:NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, DAS服务器
  • Local and NCBI Genbank BLAST search
  • 开放式读框器
  • 限制性内切酶查找与整合的REBASE限制性内切酶列表
  • 整合Primer3包进行PCR引物设计
  • 质粒的构建和注释
  • 克隆载体的设计与克隆技术
  • 基因组作图Genome mapping short reads with Bowtie, BWA and UGENE Genome Aligner
  • 原始NGS数据处理
  • 使用UGENE汇编浏览器可视化下一代测序数据(BAM文件)
  • SAMtools变体调用
  • 用Tuxedo管道进行RNA-seq数据分析 (TopHat, Cufflinks, etc.)
  • ChIP-seq data analysis with Cistrome pipeline (MACS, CEAS, etc.)
  • SPAdes de novo assembler
  • HMMER2和HMMER3包集成
  • 色谱图查看器
  • 使用权重矩阵和SITECON算法搜索转录因子结合位点(TFBS)
  • 在DNA序列中寻找直接重复序列、反向重复序列和串联重复序列
  • 局部序列对齐优化的Smith-Waterman算法
  • 构建 (使用整合的 PHYLIP Neighbor Joining、MrBayes或PhyML Maximum Likelyhood) 编辑系统发育树
  • 利用UGENE工作流设计器将各种算法结合到自定义工作流中
  • 配合CAP3组装
  • 3D结构查看器的文件在PDB和MMDB格式,浮雕视图支持
  • 用GOR IV和PSIPRED算法预测蛋白质二级结构
  • 构建核酸序列的点状图
  • 与Spidey的mRNA比对
  • 创建和使用共享存储(例如实验室)
  • 使用UGENE查询设计器在核酸序列中搜索各种算法的结果的模式

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