molPX-分子投影

2020-07-07  78

molPX简介

molPX是一个Ipython模块，它在一个Jupyter笔记本中提供了分子动力学(MD)轨迹所投射到的几乎任何类型坐标的交互式分子可视化。从更直观的坐标，如距离，接触，角度等，到不太直观的投影，如主成分(pc)，时间无关的成分(TICs)或任何集体变量或顺序参数，用于分析MD数据。

molPX功能

molPX交互式地将分子的可视表示(通过NGLview)连接到其他类型的图形，例如:

• 表面自由能
• 轨迹为f (t)
• Markov-State-Models
• 过渡路径

以及用户在记事本外部或内部生成的几乎任何(可标绘的)md关联信息类型。

molPX资源

molPX源码: https://github.com/markovmodel/molPX/

文档: http://molpx.readthedocs.io/