molPX-分子投影

molPX简介

molPX是一个Ipython模块,它在一个Jupyter笔记本中提供了分子动力学(MD)轨迹所投射到的几乎任何类型坐标的交互式分子可视化。从更直观的坐标,如距离,接触,角度等,到不太直观的投影,如主成分(pc),时间无关的成分(TICs)或任何集体变量或顺序参数,用于分析MD数据。


molPX功能

molPX交互式地将分子的可视表示(通过NGLview)连接到其他类型的图形,例如:

  • 表面自由能
  • 轨迹为f (t)
  • Markov-State-Models
  • 过渡路径

以及用户在记事本外部或内部生成的几乎任何(可标绘的)md关联信息类型。


molPX资源

molPX源码: https://github.com/markovmodel/molPX/


文档: http://molpx.readthedocs.io/


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