ImageJ使用手册翻译 part47 File命令第一部分

avatar 2019-07-1815:27:39 评论 173

26 File▷   (第一部分)

26.1 New

包含创建新图片、堆栈、多维堆栈或者文本窗口的命令。

26.1.1 Image…[n]

创建一个新的图片窗口或者堆栈。会有一个对话框可以让你指定图片的标题、类型、维度以及初始的内容。

Name是用于窗口的标题。Type是图片的类型:8-bit灰度图、16-bit灰度图(unsigned),32-bit(float)灰度图或者RGB颜色。Fill With(白、黑或者梯度)指定图片的初始设置。Width和Height指定图片的大小(像素单位)。将Slices值设定为大于1可以创建一个堆栈。

 

26.1.2 Hyperstack

命令Image▷Hyperstack▷New Hyperstack…的别名。

 

26.1.3 Text Window

以标题‘Untitled.txt’创建一个新的文本窗口。

 

26.1.4 Internal Clipboard

打开ImageJ内部的剪贴板。

 

26.1.5 System Clipboard [V]

打开操作系统剪贴板的内容。

 

26.2 Open…[o]

打开一张图片并在新的窗口显示。图片文件的格式必须是:TIFF、GIF、JPEG、DICOM、BMP、PGM或者FITS,或者利用插件可读取的文件格式。也可以打开:

-ImageJ 和 NIH图片查找表(.lut扩展名)。

-Tables(制表符分割的文本格式)(.xls或者.csv扩展名,见结果表)

-选区(.roi或者.zip扩展名)

-文本文件(.txt、.ijm、.js、.java扩展名)

-……

 

26.3 Open Next [O]

关闭当前的图片并打开一张目录中新的图片(如果有的话)。按住Alt打开目录中之前的图片(如果有的话)。

 

26.4 Open Samples

打开ImageJ站点中的示例图片。这些图片对于创建、测试以及排除宏的故障十分有用,不管宏是在什么地方运行的。在所有这些图片中,最有用的是blogbs.gif: Open SamplesBlobs(25K)[B]。

样图可以从http://imagej.nih.gov/ij/images/下载,或者可以从http://imagej.nih.gov/ij/download/sample-images.zip, 或者Fiji上批量下载,下载方式为File▷Open Samples▷Cache Sample Images。之后StartupMacros.txt文件中的‘AutoRun’便可以用来改变样图的默认路径,以便在不联网的状态下也可以使用File▷Open Samples▷submenu:

 

26.5 Open Recent

该子菜单显示最近打开的15个文件。单击文件名可以打开文件。

 

26.6 Import

该子菜单列出已安装的图片读取插件。

 

26.6.1 Image Sequence

将选中文件夹中的一系列图片打开为一个堆栈。图片可能有不同的大小,也可以是ImageJ支持的不同类型(参考图片类型和格式以及处理额外文件类型插件)非图片文件(脚本,.lut、.roi、RoiSet.zip等)会被忽略。

ImageJ Sequence Options对话框

所创建的堆栈的宽度×高度×深度的信息显示在对话框的底部。

Number of images(图片数量) 确认打开几张图片

Starting Image 如果设置为n,导入将从第n张图开始

Increment 如果设置为 “2” 每隔一张图片会被打开,而设置为“3”时每第三张图片会被打开,以此类推。

File Name Contains 输入一个字符串,ImageJ将只打开文件名中包含该字符串的文件。

Enter Pattern 高级搜索过滤的正则表达式可以写在这里。

Scale Images将值设置为小于100%可以减少内存(占用)。比如设置为50%可以将打开一个堆栈所需的内存降低25%(二维图片:原始数据的0.5×0.5=0.25)。但如果Use Virtual Stack复选框选中的话,该设置就无效了。

Convert to RGB 可允许打开混合的RGB图片的和灰度图片,但将所有图片都转化为了RGB图片。但是要注意,如果该选项未选中,并且第一张导入的图片是8-bit的话所有后续导入的图片都会被转化为8-bit格式。将该选项选中,绕过该问题。

Sort Names Numerically 选中的话,以文件名的数字顺序打开堆栈(比如:name1.tif,name2.tif,name10.tif)而不是以字母数字的顺序(比如:name1.tif,name10.tif,name2.tif)。同一系列文件中的DICOM文件(tah#0020,0011)总是以图片的序号来分类(tag#0020,013)。ListDicom Tags宏集中的List Stack Tags宏可以列出图片序号的值以及图片序列的标签。

Use Virtual Stack 当选中时,图片将被打开为只读模式的虚拟堆栈,用于打开的插件为Virtual Stack Opener。这样做对于打开那些对于运行内存(RAM)来说太大的图片序列十分有用,但是访问的速度会很慢,并且当切换到另一张图片时所作的改变将会丢失(参考虚拟堆栈)。要启用该选项要注意一下几点:

-图片Overlay未被加载

-如果文件夹包含tiff堆栈,只导入堆栈的第一片(内存驻留堆栈中的所有片都会被导入并串联为一个序列)(参考Image▷Stacks▷Tools▷Concatenate…)。

Help 打开网址http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/file.html#seq1

 

正则表达式基本语法总结。更过正则表达过滤参考http:

//download.oracle.com/javase/tutorial/essential/regex/.

正则表达式(字符类) 举例 含义
[] 分割要匹配的字符集 [aA] 大写或者小写字母A
- 字符范围 [0-9] 任意数字(0-9)
. 任意字符 [0-9]. 任意数字加其他字符
* 前项之前0或多个 .* 任意字符顺序
? 前项之前零0或1个 [0-9]? 一个可选数字
+ 前项之前1个或多个 [0-9]+ 至少一个数字
^ 否定 [^0-9] 任意不是数字的字符
&& AND(交集) [0-9&&[^3]] 不是3的一个数字
| OR(或) [0-9][a-Za-Z] 一个数字或者一个大写/小写字母

 

26.6.2 Raw…

使用该命令打开不是ImageJ直接不支持的文件格式。你需要知道关于该图片的确定信息,包括图片的大小以及图片数据开头的偏移量。

交错的RGB图片将像素连续地(rgbrgbrgb…)保存在一个图片平面内。二维的RGB图片将红、绿和蓝的图片信息存储在分开的8-bit示例平面中。ImageJ将RGB图片(TIFF和RAW)都保存为交错的格式。

ImageJ File命令下Raw对话框

ImageJ File命令 下Raw对话框

Image type 上图中展示了14中可以选择的图片类型。16-bit signed整数图片被加上32768转化为unsigned图片。1-bit Bitmap图片转化为8-bit图片。

Image Width 每行图片数据中的像素数量

Image Height 图片中行的数量

Offset to first Image 图片第一个字节前文件中的字节数

Number of Images 存储在文件中的图片数。如果该值大于实际的图片数,那么结果中的堆栈会将缩短到实际的尺寸。

Gap Between Images 一张图片结束到另一张图片开始之间的字节数。将该值设置为width×height×bytes-per-pixel×n来跳过n张图片来读取图片。

White is Zero 如果黑色像素的数量少于白色像素的数量时应该选中该选项。如果你的图片看起来像照片底片,那么该变该区域应该可以修正你的问题。

Little-Endian Byte Order 当从little-endian机器比如基于Intel的电脑中导出16-bit或者32-bit的图片时,应该选中该选框。

Open All Files in Folder 如果选中的话,ImageJ将会将文件夹中的所有图片打开为一个堆栈。这些图片必须是相同的格式和类型。

Use Virtual Stack 图片被导入为虚拟堆栈

Help 打开网址http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/file.html#raw.

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