ImageJ Gels(凝胶)

路径

描述

使用此子菜单中的命令来分析一维电泳凝胶。这些命令使用简单的图形化方法,包括生成轨道剖面图(lane profile plot)、绘制线条围住兴趣峰值以及使用Wand Tool(魔棒工具)测量废纸区域(即定积分)。注意,这项技术不能用于比较不同凝胶上的条带,除非凝胶被校准到已知的标准。

lane profile plot
lane profile plot

子命令

选项 描述
Select First Lane 要求矩形选区。请注意,除非初始选区的宽度至少是其高度的两倍,否则轨道被假定为垂直的。
Select Next Lane 将第一个矩形ROI移过相邻的轨道后使用。注意,所有选择必须具有相同的维度。
Plot Lanes 生成轨道剖面图。每次分析只创建一个图形,因此,在同一分析中多次重新运行此命令会提示错误消息:“You must first use the ‘Select First Lane’ command”.若要重新绘制剖面图,用“Re-Plot Lanes”命令。
Re-plot Lanes 重绘轨道剖面图。如果Plot lane尚未运行,则显示错误消息:“The data needed to re-plot the lanes is not available”。
Reset 重置分析。
Label Peaks 根据Wand Tool区域测量的结果对轨道的峰进行标注。
Gel Analyzer Options

使用此对话框控制凝胶分析器的行为:

  • Vertical / Horizontal scale factor:指定轨道剖面图显示时的比例因子;
  • Uncalibrated OD:勾选此项,ImageJ将把灰度值转换为未校准的光密度值。这种转换只能在8-bit图像上执行。因此,在处理高位深图像时,凝胶分析器会在一个8-bit的凝胶副本上进行操作;
  • Label With Percentages:勾选此项,Label Peaks命令会将“峰百分比”输出到结果表中,并用它们来对图像进行标注。每个峰的面积除以所有泳道测得的峰的总和即可得到百分比值。
Invert Peaks 如果勾选,波峰会倒转,即,比背景颜色深的带有正峰,比背景颜色浅的带有负峰。此设置不会改变分析。





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