ImageJ-Set Measurements

使用该对话框指定Analyze▷Measure、ROI Manager’s Measure以及Analyze▷Analyze Particles三个命令所要记录的测量值。

测量工作在当前选区上执行,没有选区则在整张图像上执行。对于阈值图像,如果勾选了Limit to Threshold,则测量仅限于高亮的像素。

该命令也可以通过在结果表上右键的方式执行。

 测量设置对话框
测量设置对话框

该对话框包含两组复选框:第一组控制测量的类型,第二组对测量进行设置。以下为详细信息:

选项

选项 描述
Area 选区,以方形像素或经过矫正的方形像素为单位。后者通过Analyze▷Set Scale进行空间矫正。
Mean gray value

选区中的平均灰度值。

即选区中所有像素的灰度值之和除以选区总像素数。如果适用Analyze▷Calibrate对图像进行了矫正,则返回为矫正后的单位(比如光密度)。对RGB图像,则平均值是将其每个像素转化为灰度值后再计算的结果。

Standard deviation 标准偏差。在结果表中表示为StdDev。
Modal gray value 在选区中出现频率最高的灰度值。与直方图中的峰值一致。在结果表中用Mode表示。
Min & max gray level 选区中最小和最大的灰度值。
Centroid

选区的中心。

是选区中像素的x坐标和y坐标的平均值。在结果表中用X和Y表示。

Center of mass

亮度加权平均值。

是选区中像素的x坐标和y坐标的平均值。用XM和YM表示。这些坐标是一阶空间矩

Perimeter 周长。即选区外边界的的长度。用Perim表示。
Bounding rectangle 包围选区的最小矩形。用BX、BY、Width以及Height表示。其中BX、BY是矩形选区左上角的坐标。
Fit ellipse

对选区拟合一个椭圆。

用Major、Minor以及Angle表示。Major和Minor是最佳拟合椭圆的主轴和副轴。Angle是主轴与平行于图像X轴的一条线之间的夹角。如果勾选了Centroid,则以X和Y连个参数显示椭圆的中心点。几种查看拟合椭圆的方式:

  • 1.命令Edit▷Selection▷Fit Ellipse, 替换区域选区为最佳拟合椭圆。
  • 2.宏DrawEllipse绘制(有损地)最佳拟合椭圆以及主、副轴。
  • 3.在Analyze▷Analyze Particles下拉菜单中的Show中勾选Ellipse,就会在一个单独的窗口中绘制每个颗粒的椭圆。
Shape descriptors

计算并显示下列形状描述:

  • 1. Circularity:圆度,指示形状的拉长,可能对非常小的颗粒无效,表示为Circ。
  • 2.Aspect ratio:颗粒拟合椭圆的纵横比。用AR表示。
  • 3.Rundness, 也是圆度,表示为Round。
  • 4.Solidity
Feret’s diameter 选区边界上任意两点之间的最长距离,也称为最大卡尺。表示为Feret。Feret直径的角度为FeretAngle,起始坐标为(FeretX,FeretY)。
Integrated density

累计密度。

选区或图像中所有像素之和。等同于Area以及Mean Gray Value的结果。

Mean 均值。图像或选区像素的平均值。
Skewness 关于均值的三阶矩。表示为Skew。
Kurtosis 关于均值的四阶矩。表示为Kurt。
Area fraction 在阈值图像中表示被高亮为红色的像素所占的百分比,在非阈值图像中表示非0像素所占白费比。表示为%Area。
Stack position 选区对象在堆栈或超堆栈中的位置(切片、通道和帧)。分别用Slice、Ch和Frame表示。
Limit to threshold 勾选此项,仅对阈值像素进行测量计算。
Display label 勾选此项,图像名称和切片的切片的数量会记录在结果表的第一列。
Invert Y coordinates 勾选此项,则将XY坐标的原点设置为左下角而不是默认的左上角。
Scientific notation 勾选此项,测量结果以科学技术法显示。
Add to Overlay 勾选此项,被测量的ROI会被自动添加到overlay。
Redirect to 从该弹出菜单中选择的图像将被设为统计计算的目标。该功能可以让我们在一幅图像上勾勒出一个结构,并在另一幅图像中测量相应区域的强度。
Decimal places 在结果表和直方图窗口中显示的小数点右边的实数位数





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