ImageJ Analyze Particles(颗粒分析)

路径


描述

该命令对二进制或阈值图像的对象进行计数和度量。对现有的区域选区进行分析,如果没有选区,则对整个图像进行分析。

它的工作原理是扫描图像或选区,直到找到一个对象的边缘。然后使用魔棒工具勾勒出对象,使用Measure命令进行测量,并对其进行填充使其不可见,然后继续扫描,直到到达图像或选择的末尾。
按Esc可中止此进程。

颗粒分析对话框
颗粒分析对话框

选项

选项 描述
Size

尺寸(面积)超出此字段指定范围的颗粒将被忽略。值的范围可以在0和“无穷大”之间。

对于空间缩放的图像值以实际大小的正方形单位表示,如果选中Pixel Units,则以像素表示。

输入一个值,小于该值的颗粒将被忽略。

Circularity

尺寸圆度值超出此字段指定范围的粒子也被忽略。

圆度值=[Area]/([Perimeter]^2)范围从0(无限拉长的多边形)到1(正圆)。

Show

这个下拉菜单指定分析后应该显示哪个图像(或Overlay)。

文本标签的大小、颜色和背景可以在Image▷Overlay▷Labels提示框中进行设置。

Nothing

图像和Overlay将不显示。

注意,当检测到的粒子数为零且Show不是Nothing时,颗粒分析器将显示一个空白图像。

Outlines

含有被测量粒子编号轮廓图的8-bit图像(灰度值:轮廓:0;标签:1;背景:255)。

如果勾选了In situ Show, 原始图像将被该图像替换。

Bare Outlines

8bit图像,包含被测量颗粒的简单轮廓,没有标签(灰度值:轮廓:0;背景:255)。

如果勾选了In situ Show, 原始图像将被该图像替换。

Masks

含被测颗粒的填充轮廓的8-bit二进制图像(灰度值:遮罩:0;背景:255)。

如果勾选了In situ Show, 原始图像将被该图像替换。

Ellipses

含每个被测粒子的最佳拟合椭圆的8-bit二进制图像(灰度值:椭圆:0;背景:255)。

如果勾选了In situ Show, 原始图像将被该图像替换。

Count Masks

16-bit图像,包含被测粒子的填充轮廓,用与颗粒数对应的灰度值绘制。

如果勾选了In situ Show, 原始图像将被该图像替换。

Overlay Outlines 显示图像覆盖层(overlay)中测量的颗粒的轮廓,删除先前添加Overlays。
Overlay Masks 显示图像覆盖层(overlay)中测量的粒子的填充轮廓,删除先前添加的Overlays。
Display Results 如果勾选此项,每个颗粒的测量结果将显示在结果表中。
Clear Results 如果勾选此项,结果表中列出的任何以前的测量结果都将被清除。
Summarize

如果勾选,粒子计数,总粒子面积,平均粒子大小,面积分数和所有列在Set Measurements中的参数将显示在单独的汇总表(Summary)中。

注意,当单个图像的“汇总”被输出到同一个汇总表时,堆栈的追踪被打印在专用的表中(名称为:Summary of  [stack title])。

另外,请注意,任何时候都可以使用Summarize命令获得关于Results 测量的描述性统计信息。

Add to Manager 如果勾选,测量的颗粒将被添加到ROI管理器中。
Exclude on Edges 如果勾选此项,接触图像(或选区)边缘的粒子将被忽略。
Include Holes

如果勾选此项,内部的孔将包括在内。禁用此选项以排除内部孔并测量被其他粒子包围的粒子。

当它被禁用时,ImageJ通过洪水充填找到范围。

启用此选项时,ImageJ通过追踪外部边缘来找到每个粒子的范围。

Record Starts 这个选项允许插件和宏使用doWand(x,y)宏函数重新创建粒子轮廓。
In situ Show

如果勾选此项,原始图像将被“Show”下拉菜单中指定的二进制掩码取代。

注意,此选项不适用于在测量图像上总是显示为非破坏性图像叠加的覆盖轮廓(Overlay Outlines)和覆盖蒙版(Overlay Masks)。


颗粒分析
颗粒分析(Analyze▷Analyze Particles):可以指定合适的Size以及Circularity范围以及选择根据边缘追踪颗粒还是利用flood fill追踪颗粒。

显示颗粒分析的选项
显示颗粒分析的选项(Analyze▷Analyze Particles)。使用Image▷Overlays▷Labels控制文本标签的背景、Overlay、大小、颜色和背景的显示。





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