ImageJ使用手册翻译 part12-8 堆栈、虚拟堆栈和多维堆栈

avatar 2019-06-1015:00:47 评论 165

堆栈


ImageJ可以展示多个空间上或时间上相关联的图片。这些图片集即称为堆栈。而组成堆栈的这些图片称为“片”。在堆栈中,一个像素(在位图中代表二位图片的数据)变成了体素(体积像素),比如,在一个三维空间的规则网格中的强度(亮度)值。

 

一个堆栈中所有的片都应该具有相同的尺寸和位深。滚动条的作用是可以在这些片之间切换,滑块前有一个播放/暂停图标,可以用来开始/停止堆栈动画。在该图标上鼠标右键可以运行Animation Options…[Alt/]对话框。

 

大多数ImageJ过滤器会作为选项来处理一个栈中的片。ImageJ将多图片的TIFF文件作为一个堆栈打开,并且将堆栈保存为多图片的TIFF文件。File▷Import▷Raw…命令可以用来打开其他多图片的、未压缩的文件。一个图片文件夹,要将其作为一个栈打开,你可以将该文件夹拖放到ImageJ窗口,也可以选择File▷Import▷Image Sequence…来打开。要创建一个新的堆栈,你只需要选择File▷New▷Image…[n]然后设置“片”的数值大于1。Image▷Stacks▷次级菜单包含普通堆栈选项的的命令。

 

虚拟堆栈


 

虚拟堆栈是常驻磁盘(与内存驻留截然相反)并且是上传不匹配RAM图片的唯一途径。运用虚拟堆栈时要注意以下几点:

-虚拟堆栈是“只读”模式的,因此当你切换到不同的“片”时,会发现对像素数据的改变并没有保存。这时你可以应对的方法是宏命令(比如:Process Virtual Stack)或者Process▷Batch▷Virtual Stack…命令。

 

-使用比如ImageJ▷Crop [X]这样的命令,你很容易就会把内存用完,因为任何由命令生成的不是虚拟堆栈的堆栈都是驻留内存的。

ImageJ堆栈和多维堆栈

ImageJ中的堆栈和多维堆栈:File▷Open Sample▷Mitos (26MB, 5D stack)。多维堆栈的维度可以通过Image▷Hyperstacks▷Reduce Dimensionality…、Image▷Stack▷Z Project…或者Image▷Hyperstacks▷Channels Tool…[Z]来减少。窗口标题中的‘(V)’表示虚拟图片(图片来源:ImageJ user guide)

-TIFF虚拟堆栈通常可以比JPEG虚拟堆栈处理得更快。一个JPEG(图片)序列可通过将其打开为虚拟堆栈然后File▷Save As▷Image Sequence…的方式转化为TIFF文件。

 

ImageJ会在虚拟堆栈和多维堆栈的的窗口标题上贴上一个‘(V)’。一些ImageJ在File▷Import▷次级菜单中内嵌的命令可以打开虚拟堆栈,也就是:TIFF Virtual Stack…, Image Sequence…, Raw…, Stack From List…, AVI… (参考虚拟堆栈打开器)。此外TIFF堆栈也可以通过拖放的方式打开卫虚拟堆栈。

 

多维堆栈


多维堆栈顾名思义就是多个维度的图片,将图片堆栈扩展到4D或5D (D即dimension, 维度):x(宽),y(高),z(片),c(频道或波长)以及t(时间框架)。多维堆叠在窗口中具有三个带标签的滚动条(见堆栈和多维堆栈)。与堆栈中的滚动条相似,帧滑块(t)有一个播放/暂停键。

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