ImageJ使用手册翻译 part11-7 图片类型和格式

avatar 2019-06-0815:00:49 评论 181

ImageJ使用手册

 

数码照片是二维的像素强度值网格,其宽度和高度由x轴和y轴方向上的像素数决定。因此,像素(图像元素)是图片的最小组分,其带有数据化的值-像素强度-介于黑和白的范围之间。该范围(黑-白)的特征是,比如,图片中存在的特定强度(亮度)值的数量定义为图片的色彩深度/位深度(bit-depth),并同时确定了强度编码的精度级别,比如一张2-bit的图片具有22=4个色调:00(黑色),01(灰色),10(灰色)以及11(白色)。一张4-bit的图片有24=16个色调,从0000(0)到1111(16),等等。根据每像素位数(bbp),ImageJ中常使用的图片类型(ImageJ▷Type▷)是(ImageJ2将支持更多的图片类型):

 

8-bit(位) 图像可以显示256(28)个灰度(仅整数)

16-bit(位) 图像可以显示65536(216)个灰度(仅整数)

32-bit(位)图像可以显示4294967296(216)个灰度(实数)。在32-bit图片是,像素是以浮点数表示的并且可以有任何强度的值,包括NaN (非数值的)。

 

RGB 颜色 RGB图片可以显示红、绿、蓝三个颜色通道中的256个颜色值。这些图片则是24-bit(23×8)图片。RGB颜色的图片也可以是32-bit的颜色图片(24-bit颜色图片加8位编码alpha混合值,比如透明度)。

 

本地格式


ImageJ打开的本地(比如,不需要用第三方插件)格式有:TIFF, GIF, PNG, DICOM, BMP, PGM以及FITS。其他更多的图片格式可以通过插件的辅助打开。这将在非本地格式中讨论。

TIFF  (Tagged Image File Format, 带标签的图片文件格式)是ImageJ”默认”的图片格式(参考File▷Save 展开)。图片可以是1-bit、8-bit、16-bit (无标记——带有数值变量标记既可代表正数也可代表负数,不带标记则仅代表正数)。如果TIFF文件包含多个相图类型和尺寸的图片,那么会以堆栈的或多维堆栈的方式打开。ImgaeJ以LZW、PackBits以及ZIP压缩方案的来打开无损的TIFF文件。此外,TIFF文件也可以作为ZIP文档打开或保存。当ImageJ以调试模式运行时,用以导入Tiff文件的标签和信息(图片数量、与第一张图之间的位移量、图片间的间距)会打印到日志窗口。

 

DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine,医学数码图片及通讯),是一种流行于医学社区的标准。在ImageJ中仅支持未压缩的DICOM文件。DICOM文件包含多个图片,因此以堆栈的方式打开。用Image▷Show Info…[i]来显示DICOM的头信息。一个DICOM序列可以通过File▷Import▷Image Sequence…的方式打开,也可以将文件夹拖放到ImageJ窗口进行打开。导入的序列是按图片编号分类的而不是文件名,将DICOM图像保存为TIFF格式时,其标签也会保留。ImageJ支持定制的DICOM词典,比如说http://imagej.nih.gov/ij/download/docs/DICOM_Dictionary.txt。更多的信息请参考Center for Advanced Brain Imaging (高级脑成相中心).

 

FITS (Flexible Image Transport System, 灵活的图片传输系统) FITS图片是一种天文学社区采用的数据交换和档案存储的格式。用Image▷Show Info…[i]来显示FITS头。更多信息参考

 

PGM (Portable GrayMap, 可移植灰度图?),PBM(Portable BitMap, 可移植位图)以及PPM(可移植象图)是一类简单的图片格式,使用ASCII头。更多的信息参考

 

AVI (Audio Video Interleave, 音视频交织)是一种容器格式,可以包含许多不同编码格式的数据。ImageJ仅支持未解压的AVI文件,各种YUV 4:2:2压缩类型以及PNG或者JPEG编码的独立帧。注意大多数MJPEG(动态JPEG)格式都会读取错误。读取其他格式的AVIs格式也将会以失败告终。

 

非本地格式


当你打开一个文件时,ImageJ首先会判断该文件是否能够用本地格式来处理。如果ImageJ不能识别该文件的格式,那么它会通过HandleExtraFileTypes这个捆绑在ImageJ上的插件来调用合适的读取器。如果读取仍然失败的话,ImageJ会尝试利用OME Bio-Formats library (如果有的话)来打开文件,该插件支持超过一百多种显微镜学中最普遍的文件格式。到这里如果文件仍然无法打开,就会提示错误信息。

因为这两个插件的开发都很活跃,因此时常更新它们是十分重要的。OME Bio-Formats library可以通过它自身的更新插件(Plugins▷LOCI▷Update LOCI Plugin…)或者Fiji↑的嵌入式更新工具(Help▷Update Fiji…)。下面的网站提供了更多的与OME Bio-Formats相关的信息:

– http://loci.wisc.edu/bio-formats/imagej

– http://fiji.sc/Bio-Formats

http://loci.wisc.edu/bio-formats/using-bio-formats

此外,ImageJ网站列出了超过60个可以识别其他文件格式的插件。ImageJ的文档门户也列有一份ImageJ支持的格式的名单(有的过时了)。

ImageJ中文教程

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