ImageJ 交互性

一些安装包的存在使得ImageJ可以与其他应用、运行环境进行交互:

应用、运行环境 描述
Bitplane Imaris ImarisXT可以下载并运行ImageJ的插件。bpImarisAdapter(仅限Windows系统并且需要有效的Imaris和ImarisXT证书)。
CellProfiler CellProfiler的特征模块RunImageJ，可以在的CellProfiler途径中运行ImageJ的插件。
Icy Icy是一个开源的生物制图社区软件，可以运行ImageJ插件，其与插件的兼容性几乎是100%。
Knime Knime (Knostanz Imformation Miner)包含几个图像处理节点（KNIP），可以运行ImageJ的插件和宏命令。
Open Microscopy Environment 所有Open Microscopy Environment的工程，比如Bio-Formats,VisBio以及OMERO等都能够与ImageJ进行很好的交互。
RImageJ-R bindings for ImageJ 是ImageJ和R（GNU S）之间的结合。

R是一个免费的统计计算和成图的环境(参考R语言教程)。RImageJ的说明可参考http://cran.r-project.org/web/packages/RImageJ/RImageJ.pdf。
MIJ-MATLAB-ImageJ bi-directional communication 是一个MATLAB和ImageJ之间进行双向数据交换的Java安装包，允许两个软件之间交换图片。

MIJ也允许MATLAB使用ImageJ的所有内置功能和第三方插件。开发者在MIJ和Matlab File Exchange 网站上提供了更多的信息。

Fiji的Miji.m特性，则可以从Matlab的内部更加方便地使用Fiji模块的函数库和功能。