Shadows(阴影)
该子菜单下的命令可以产生阴影效果，让光看起来是来自于某一个方向，即选项East、North、Northeast、South、Southeast、Southwest以及West。该命令使用卷积3×3，ImageJ的3×3卷积函数。命令Shadows Demo用8个所有的内核来岩石3×3卷积的速度。下面的插图展示了四个阴影卷积核。
Shadows . : North, South, East, and West kernels.
Binary▷
该子菜单包含了创建或者处理二进制（黑白）图片（图片类型和格式）的命令。除非勾选了Process▷Binary▷Options对话框中的Black Background命令，默认把黑色当做（研究）对象，而白色为背景。
形态运算符总结（Process▷Binary▷submenue）
Make Binary
将图片转化为黑白版。如果通过Image▷Adjust▷Threshold…[T]工具设定了阈值，则会显示一个描述对话框。黑色前景色和白色背景色的值可以反映并且对Process▷Binary▷Options…的全局背景色进行设置。
如果没有设定阈值，Make Binary会分析当前选区的直方图，或者没有选区的情况下分析整张图像，然后自动设定一个阈值来生成二进制图片（“Auto-threshold”显示在状态栏）。
对堆栈来说会显示Convert to Mask对话框。注意对于未设定阈值的图片和堆栈，Make Binary和Conver to Mask是针对两者的相似的功能。
Conver to Mask
将图片转化为黑白。
如果未勾选Process▷Binary▷Options…对话框中的Black Background，则遮罩会具有一个倒转的LUT（白色为0黑色为255）。而如果没有设定任何阈值，则会自动设定一个阈值。注意对于未设定阈值的图片和堆栈，Make Binary和Conver to Mask是针对两者的相似的功能。
Calculate Threshold for Each Image (为每张图片计算阈值)
勾选此项，则对每张图片进行阈值计算，否侧将当前切片的阈值应用到所有切片上。
Black Background（黑色背景）
决定是否背景色为黑色，前景色为白色。注意该对话框的值可以反映并且对Process▷Binary▷Options…的全局背景色进行设置。
Erode
将二进制图片中对象周围的像素移除。Filter ▷Minimum…对未设定阈值的图片进行灰度侵蚀。
Process . Binary . commands.
Dilate(膨胀、扩大)
向二进制图片中的对象边缘添加像素。Filter ▷Maximum命令对未设定阈值的灰度图进行扩大。
Open
先后分别进行侵蚀和扩大。该操作可以使对象（边界）变得平滑并移除单独的像素。
Close-
先后分别执行扩大和侵蚀。该操作可以让对象变平滑并充填一些孔洞。该命令以结尾的连字符来区别于File ▷Close [w]。
Outline（轮廓）
在二进制图片中创建一个前景对象的一像素宽的轮廓，线是在对象（边界）内画的，比如，在之前的前景像素上。
Fill Holes(充填孔洞)
该命令将对象的孔洞充填以背景色。
Skeletonize（骨架化）
不断移除二进制图片中对象边缘的像素，只到对象变为一像素宽的形状。有不止一种骨架化的算法。ImageJ使用Zhang and Suen，A fast parallel algorithm for thinning digital patterns.。CACM 27(3):236–239，1984的一种细化算法。在该法中查找表会索引所有的256个可能的3×3基阵。该算法计算每个对象像素的索引数，然后通过查找表来决定是否将像素删除。该过程将一直重复知道没有像素可消除。
当Edit▷Options▷Misc…中的debugging选中的情况下，skeletonize创建一个动画，记录细化算法的迭代。
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