ImageJ的overlay设置

avatar 2019-09-2923:31:13 评论 50

Overlay▷

如之前提到的一样,该子菜单包含创建并处理无损的图片Overlays的命令。一个overlay由一个或多个选区组成:箭头、线条、点、形状和文本(参考ImageJ工具栏)。Overlays可以由部分表现为常规选区的图片选区(imageROIs)组成。

按住B键(Add Selection…[b])将当前的选区添加到overlay。按住Shift+F(Flatten [F])来创建一个嵌有RGB图片的overlay。以TIFF格式保存图片可保存overlay。

 

Add Selection…[b]

添加到verlay对话框

当按住B键时,可以将选区即刻添加到当前的overlay。Alt+B键弹出一个对话框,通过该对话款可以对Stroke color、witdth以及Fill color等进行设置。

除了文本选区外,当指定了Fill color后,Stroke (contour)color和 Width的设定都会被忽略。颜色通过其颜色名(默认有:black、blue、cyan、green、magenta、orange、red、white以及yellow)或者十六进制编码进行设定。

如果勾选New overlay选项,那么之前添加的Overlay会被移除。并且,如果没有选区存在而该命令又在运行的话,会显示一个警告信息的对话框,因为有可能会通过Remove Overlay命令将当前的overlay移除。

注意,进行过测量的选区(Analyze▷Measure…[m])可以通过勾选Analyze▷Set Measurements….中的Add to overlay选项框而自动添加到overlay。

Add Image…

将两张图片混合,方法是将一张图片添加到最前面图片的overlay中。用于混合的图片可以是任何类型的图片(参考图片类型及格式),但是他不能比主图片大。混合的阿尔法值可以在Opacity(0-100%)选项处设定。初始的X、Y位置由现存的矩形选区决定,当然,是有选区的情况下。

默认情况下,所创建的图片overlay是不能再画布上移动的。另一方面,图片选区可以在将图片添加到overlay之后通过Edit▷Selection▷Image to Selection…或者Image▷Overlay▷To ROI Manager创建。

 

Hide Overlay

停止显示overlay,其相对命令为Show Overlay。

Show Overlay

显示overlay, 相对命令为Hide Overlay。

From ROI Manager

从ROI Manager list上的选区上创建上一个overlay(参考Analyze ▷Tools ▷ROI Manager)。注意之前添加的Overlays会被移除。

To ROI Manager

将当前overlay中的选区或者图片复制到ROI管理器中,以便对它们进行编辑(移动,缩放以及调色)(同时参考ROI管理器)。注意ROI管理器列表中之前的项目会被删除。

Remove Overlay

永久地将overlay清除,且不能通过Show Overlay将其恢复。

Flatten [F]

创建一张RGB图片,将overlay描述为像素数据。RGB的图片与当前图片的尺寸一样,不想Plugins▷Utilities▷Capture Image,创建WYSIWYG(what you see is what you get,所见即所得)图片,其尺寸同窗口一样大。当处理堆栈中的切片时,应该首先将堆栈转化为RGB。

Labels…

该工具可以决定是否对Overlay进行标签标准,或者怎样标注。

该工具对以下命令的行为进行设定:

Image▷Overlay▷Add Selection…[b]

Analyze▷Measure…[m](如果勾选了Analyze▷Set Measurements…中的Add to overlay选项)

Analyze▷Analyze Particles…

ROI Manager Show All

Font size 设定label(标签)的字体大小(12-72pt)

Show labels 是否显示overlays的文本标签。默认情况下不适用该选项。

Use names as labels 勾选此选项,将使用ROI的名称作为标签而不是默认的数字标签。如果未勾选,将使用当前overlay的尺寸数据作为标签。选区重命名可以通过Edit▷Selection▷Properties…[y]命令,或者在使用ROI管理器时使用Rename…或者Properties…命令来实现。

Draw backgrounds 勾选此选项,文本将显示在互补色的背景上。该选项创建的标签类似于ROI管理器中Show All选项(Labels选项勾选)生成的标签。

Bold 勾选此选项,标签(无衬线体)将显示为黑体字。

Overlay Options….

使用该命令设置画笔颜色、画笔宽度以及充填颜色。当指定了Fill color参数后,将自动忽略所设定的Stroke color以及Stroke width。将Stroke width设为0,则以1像素的宽度绘制选区,并且该宽度不受图片缩放的影响。

照例,颜色的设定使用颜色的名称(black, blue, cyan, green, magenta, orange, red, white

and yellow)或者十六进制编码。

对于堆栈和多维堆栈来说,选择Set stack positions选项框将仅在浏览它们的切片或者帧时显示Overlays。而如果未选中,则会在整个堆栈中显示overlay。

 

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