ImageJ 3D投影

avatar 2019-09-1517:26:21 评论 7

3D Project…


ImageJ 3D投影对话框该命令利用最近点(表面)、最亮点、平均值或者最近点与后两者中的任意一个的加权组合创建一系列的旋转体积(堆栈或多维堆栈)的投影到一个面板上。用户可以选择围绕任意三个正交轴(x、y、z)之一旋转体积,使部分体积透明(利用阈值),或者利用深度线索来增加视觉的真实感。

 

动画序列中的每一帧是从不同视角投影的结果。为了直观地理解这一点,想象一束平行光线场穿过一个包含一个或多个固体物体的空间,投影到一个与光线方向垂直的屏幕。

 

每条光线在屏幕上投影一个值,该值基于光线通道上的点的值。对于投影的算法有三种可选方案:nearest-point、brightest-point以及mean-value。投影方法的选择以及可视化参数的设置决定了表面以及内部结构的呈现。

 

Projection Method 选择Nearest Point投影方法将当前角度可看到的表面投影到一张图上。在投影平面的每个点上,光线垂直于平面穿过该空间。光线遇到的最近的不透明点的值会存储在投影图中。Brightest Point投影法检查光线遇到的点,将每条光线中最亮的点进行投影。该方法将最亮的对象投影出来,比如说CT照片中的骨骼。Mean Value投影法,是对Brightest-point投影法的纠正,将每条光线上的所有透明点加起来然后利用他们的平均值进行投影。这样可使图片的边界更柔和且降低对比度,但是这在可视化高亮度结构中的某些对象时十分有用(比如头骨)。

 

Slice Spacing 即切片之间的间隔,以像素为单位,与切片组成体积。ImageJ将体积在每个Rotation Angle Increment(旋转角增量)上投影到视平面上,以Initial Angle(起始角)开始旋转并在Total Rotation(总旋转)之后结束。

 

Lower/Upper Transparency Bound 决定体积空间的透明度。投影算法会忽略低于最小阈值的值和大于最大阈值的值。设定这些阈值可以确定背景点可见(这些点不属于任何结构)。通过设定合适的阈值,你可以去除那些具有合理统一性和唯一强度值的层并对内部结构进行高亮。注意:你也可以通过Image▷Adjust▷Threshold…[T]来设置透明边界。

 

Opacity 可用来显示隐藏的空间关系,特别是对于那些不同颜色和尺寸叠加在一切的对象。Opacity参数可显示最近点(nearest-point)投影和另外两周投影方法中任意一种的加权组合,使用户可以通过透明的表面观察到内部的结构。要使用该功能,将Opacity设置为一个大于0的数并选择Mean Value或者Brightest Point投影方法中的任意一种。

 

Surface/Interior Depth-Cueing 深度暗示可以提高三维投影图像的质量,其作用是为投影的结构提供透视图。深度暗示决定靠近观察者的点看起来更亮,而远离观察者的点则随距离线性变暗。而作为交换,这种真实感的增加会使这种深度暗数图片中的点不再具有光密度值。有两种深度暗数的方法可选:Surface Depth-Cueing以及Interior Depth-Cueing。Surface Depth-Cueing仅作用于最近点投影和其他投影方式在不透明度(Opacity)打开的情况下的最近点组分。对于两种方法来说,深度暗示在设置为0时是关闭状态(即从后面的100%前度到前面的100%强度),在值为0<n 100(即从后面的(100-n)%强度到前面的100%强度)。单独的表面(surface)和内部(brightest)深度暗示可以获得更多的可视化可能性。

 

Interpolate 勾选Interpolate可以创建一个零食的z-scaled堆栈,用来生成投影。Z-scaling可以消除体积投影中切片大于1.0像素的间隔。该选项等同于使用TransformJ软件包中的Scale插件来在Z维度(轴)上通过切片间隔(单位为像素)来对堆栈进行缩放。该选项框在切片间隔小于或等于1.0像素时会被忽略。

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